Ähnlich wie bei der Darmspiegelung (Koloskopie) wird bei der Rektoskopie das Innere des Darmes untersucht. Dabei wird ein Schlauch (Endoskop) oder ein Stab (Rektoskop) vorsichtig über den After in den Darm eingeführt und der Darm von innen mit einer kleinen Kamera begutachtet. Die Aufnahmen sind währenddessen auf einem Bildschirm in Echtzeit zu sehen. Im Gegensatz zur Darmspiegelung wird bei der Rektoskopie jedoch nur der Enddarm (Rektum), also das letzte Stück des Darmes vor dem Darmausgang untersucht. Das heißt, die Kamera muss nur ein kleines Stück weit vorgeschoben werden. Die Rektoskopie benötigt deutlich weniger Vorbereitung und ist für die Patientin oder den Patienten auch weniger unangenehm als die Darmspiegelung. Es ist nicht notwendig, zuvor den Darm vollständig zu entleeren, es reicht ein Einlauf kurz vor der Untersuchung, um den Enddarm von Stuhlresten zu befreien. Das ist wichtig, damit eine freie Sicht auf die Darmschleimhaut möglich ist. Die Untersuchung selbst wird meist als schmerzlos empfunden, ein Schlafmittel ist in der Regel nicht notwendig.
Mit der Rektoskopie können zum Beispiel Hämorrhoiden oder Einrisse der Darmschleimhaut (Fissuren) untersucht werden.
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